Każdego dnia przybywa publikacji o mikrobiomie ludzkim. Autorzy badań starają się poznać nie tylko skład mikrobiomu, ale też zrozumieć, jak poszczególne wzorce kolonizacji jelit wpływają na ryzyko występowania wielu różnych chorób. Chodzi nie tylko o schorzenia związane z układem pokarmowym, ale również z zaburzeniami ośrodkowego układu nerwowego, zaburzeniami hormonalnymi, jak i z poruszanymi poniżej dysfunkcjami układu oddechowego, w chorobach takich jak astma.

Pojawia się coraz więcej badań, w których oceniane są wzorce kolonizacji jelit oraz czynniki zmniejszające bioróżnorodność mikrobiomu, jego wpływ na alergie i choroby układu oddechowego. Z badań tych coraz częściej wyłaniają się argumenty, że mikrobiota jelit i jej zaburzenia są prawdopodobnie ważnym mediatorem, jeśli nie jedną z przyczyn w rozwoju astmy.

Publikacje wskazują, że bioróżnorodność mikrobioty jelitowej jest ważna w kształtowaniu się układu immunologicznego [2, 3], 
ponieważ mikrobiota w jelitach zapewnia immunologiczną stymulację, a tym samym kształtuje fenotyp odpowiedzi immunologicznej u rozwijającego się małego dziecka [4, 5, 6]. Zaburzenia bioróżnorodności flory jelitowej dziecka mogą przekładać się na zaburzenia równowagi odpowiedzi immunologicznej Th1 oraz Th2, zwiększając ryzyko występowania chorób autoimmunologicznych (związanych głównie z odpowiedzią Th1), jak i chorób alergicznych (związanych przede wszystkim z odpowiedzią Th2).

Badania kału 76 niemowląt z wysokim ryzykiem wystąpienia chorób atopowych (dodatni wywiad rodzinny w kierunku chorób alergicznych) wykazały, że wzorce kolonizacji jelit w ciągu pierwszych 3 miesięcy życia miały wpływ na ryzyko wystąpienia alergii, ocenianej w badanej grupie w 12. miesiącu życia [7]. Zidentyfikowano nawet konkretne szczepy, które dominowały w poszczególnych badanych próbkach. U dzieci z atopią wykrywano więcej gatunków bakterii Clostridium i mniej gatunków Bifidobacterium [8, 9]. Ciekawym spostrzeżeniem było również, że w ramach jednego gatunku poszczególne szczepy bakterii mogą mieć różne efekty immunostymulujące. Na przykładzie gatunków Bifidobacterium zauważono, że B. bifidum były głównym szczepem znalezionym w kale u niemowląt niealergicznych, natomiast B. adolescentis i B. longum były bardziej rozpowszechnione u dzieci, u których rozwinęła się alergia [8]. 

W innym badaniu na 117 dzieci, które miały dodatni indeks ryzyka astmy, tzw. Indeks API (Asthma Predictive Index), częstość występowania Bacteroides fragilis i innych bakterii beztlenowych w próbkach kału, pobranych w 3. tygodniu życia, były wyższe w porównaniu z dziećmi z ujemnym wynikiem indeksu API (czyli bez czynników ryzyka wystąpienia astmy) [10].

Mówiąc o mikrobiomie, należy pamiętać nie tylko o mikrobiomie jelitowym, ale również o mikrobiomie układu oddechowego czy innych regionów ciała.

Ukazały się badania analizujące związek między kolonizacją bakteriami dróg oddechowych a astmą. W grupie 321 noworodków analizy mikrobiologiczne materiałów pobranych z gardła 1-miesięcznego dziecka wykazały, że wczesna kolonizacja górnych dróg oddechowych przez Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influen...